Bu dönemde vezir Sadettin Köpek‘in etkisi altında kalan II. Gıyaseddin Keyküsrev babası kadar başarılı olamadı. Kötü idaresi sonucu Türkiye Selçuklularının güçleri ve otoritesi kaybolmaya başladı. .

Baba İskak (Babailer) İsyanı (1240): XIII. yüzyılda Moğol istilası nedeniyle pek çok Türkmen Anadolu’ya göç etmiştir. Özellikle Doğu ve Güneydoğu Anadolu Bölgesine yerleşen bu topluluklar arasında yer ve otlak darlığı nedeniyle mücadeleler yaşanıyordu. Artan ekonomik sıkıntılarına, devletin kötü yönetimi de eklenince, Baba İshak isimli bir kişi Adıyaman’da isyan başlatmıştır.

İsyan kısa sürede Anadolu’nun iç bölgelerine kadar yayılmıştı. Selçuklular bu isyanı zorlukla bastırabilmiş, ordusu yıpranmıştır. Selçukluların bu olayla güçsüzlüğünü anlayan Moğolların Anadolu’yu ele geçirmek için cesaretleri artmıştır.

Kösedağ Savaşı (1243): Türkiye Selçuklularının doğu sınırlarına dayanan Moğollar, Baba İskak isyanından sonra Anadolu’yu istilaya karar verdiler. Sivas’ın doğusunda yapılan Kösedağ Savaşı’nda Türkiye Selçukluları yenilmiştir.

Savaşın sonucunda;

a) Anadolu Moğolların hâkimiyeti altına girmiş Türkiye Selçuklularında dağılma ye yıkılma süreci başlamıştır.
b) Anadolu’da kurulan Türk siyasal birliği bozulmuştur. Anadolu’nun batısında bağımsız Türk beylikleri kurulmuştur.
c) Trabzon Rum İmparatorluğu ve Ermeni Krallığı Selçukluların kontrolünden çıkmıştır,
d) Anadolu’da ticari hayat durma noktasına gelmiştir. Can ve mal güvenliği kalmamıştır.
e) Anadolu’da önemli bilim, sanat ve ticaret merkezleri takrip olmuş, kültürel gelişmeler durmuştur.
f) Moğol baskısı kalkın Anadolu’nun batı kısmında yoğunlaşmasına, Türk kültürünün buralara yayılmasına neden olmuştur.